Название посёлка происходит от Синдорского озера, расположенного примерно в 13 километрах южнее. На языке манси «туманное озеро» — это перевод названия населённого пункта.

История современного посёлка начинается в конце 1930-х годов, когда на реке Симве появились первые лагеря для осуждённых. В августе 1937 года по приказу НКВД СССР был организован Усть-Вымьлаг, в который входило 18-е отделение в Синдоре. К 1953 году в посёлке и окрестностях находилось 4 лагеря.

Указом Президиума Верховного Совета Коми АССР от 20 февраля 1975 года населённый пункт Синдор был отнесён к категории рабочих посёлков. В конце 1980-х годов в посёлке построили теплично-овощной комбинат, который позже демонтировали